Der Ursprung der Cerovac Höhlen hängt mit der hydrogeologischen und geomorphologischen Entwicklung des Gračačko-Feldes, des Crnopac-Massivs und der Zrmanja-Schlucht zusammen. Das Wasser, das heute in Gračačko polje (Otuča und Žižinka) absinkt, fließt unterirdisch und tritt durch Quellen an der Südseite des Crnopac-Massivs im Tal des Flusses Zrmanja an die Oberfläche. Erosion - Korrosionsarbeiten dieser unterirdischen Strömungen schaffen unterirdische Karstkanäle. Das relative Höhenverhältnis zwischen Crnopac und Gračačko polje hat sich in den letzten Millionen Jahren stark verändert. Durch seine Korrosions- und Erosionsarbeiten haben die ehemalige unterirdische Gewässer Kanäle der oberen Cerovac-Höhle (und wahrscheinlich einige ältere auf einer höheren Ebene) geschaffen.

Aufgrund der tektonischen Hebung von Crnopac sanken die abgrundtiefen Gewässer immer tiefer ab, während inaktive Kanäle wegen Hebungen auf höhere Lagen über das Niveau der kürzlich aktiven unterirdischen Flüsse "getragen" wurden. So sind zuerst die Kanäle der oberen Etage der Oberen Höhle entstanden, danach die Kanäle der Mittleren, dann der Unteren und schließlich die untere Etage der Oberen Cerovac-Höhle. Dann verlor diese bisher unterste Etage die hydrogeologische Funktion als Karstleiter, die es heute durch den Abgrund am Rande des Gračačko polje übernahm. Die Höhlen von Cerovac repräsentieren daher mehrere Generationen von Höhlen im Abgrund des Karstsystems von Crnopac. Sie sind heute nicht mehr aktiv und ihre Funktion wurde von Abgründen entlang des südlichen Randes von Gračačko polje in niedrigerer Höhe (~ 550 m) übernommen. In der Zone von 500-650 Metern über dem Meeresspiegel befindet sich neben dem Cerovac-Höhlenkanal auch der größte Teil des Munižaba-Höhlenkanals und ein großer Teil des Crnopac-Höhlensystems-Kanals, dessen Höhleneingänge im höheren Teil liegen des Crnopac-Massivs.

Höhenverhältnisse der Höhlen von Cerovac (GC1 – obere Etage der Oberen Höhle, DC - Untere Höhle, GC2 – Untere Etage der Oberen Höhle, erstellt von: N. Bočić)